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   FUNGHI E MICROSCOPIA
 Strumentazione e Tecniche di microscopia
 Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
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enotria
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Inserito il - 06 febbraio 2015 : 18:50:40 Mostra Profilo  Apri la Finestra di Tassonomia

.

Quante parole complicate: eppure sono tutte legate fra di loro e, anche se non sembra, a loro volta sono tutte collegate alla micologia, o meglio, alla microscopia dei funghi.

Episcopia: letteralmente guardare illuminando da sopra, esattamente alla rovescia di quello che facciamo noi normalmente, quando con il microscopio guardiamo un vetrino.
In genere il vetrino viene illuminato da sotto e noi guardiamo la luce che lo ha attraversato (diascopia), invece in questo caso la luce lo colpisce, ma senza riuscire ad attraversarlo, e la luce che noi vediamo al microscopio, è quella che viene riflessa dal campione.

Ed a cosa ci serve ?

Bé, è un modo diverso e più naturale di osservare, non occorre rendere trasparenti i soggetti, non serve colorarli, li si vede così, come realmente sono.
Facciamo un esempio reale: ho trovato in giardino un funghetto, nella mia ignoranza penso sia un Pisolithus ma, per sicurezza vostra, ne posto una foto al naturale:

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
60,84 KB

Le immagini episcopiche danno molto bene l’idea di queste isole di spore, separate dal micelio, che attendono di maturare, per poi diffondersi.

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
109,44 KB

Naturalmente, questo tipo di immagini sono le stesse che voi potreste vedere con l’utilizzo di una lente o di un buon microscopio stereoscopico, ma non lasciatevi ingannare, lo stereo al massimo vi mostra immagini ingrandite fino a 50 volte, poi deve gettare la spugna perché le sue ottiche non sono in grado di andare oltre.
Nel nostro caso, l’episcopia che voglio mostrarvi è in grado di raggiungere ingrandimenti anche molto elevati e vedremo in seguito in quale modo.
Per ora accontentiamoci di un modesto ingrandimento di 125x complessivi, con in bella mostra gli ammassi sporali, le fibre del micelio ed il tutto al naturale, senza coloranti ne conservanti !

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
112,99 KB


(continua)



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Modificato da - enotria in Data 06 febbraio 2015 19:04:50

enotria
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Inserito il - 06 febbraio 2015 : 19:03:27 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
.

Facciamo ora un ulteriore passo avanti nell’ingrandimento, ma ancora senza forzare, senza utilizzare l’immersione omogenea in olio ed arriviamo a visualizzare le singole spore a 630x ingrandimenti complessivi.
Lavorando in episcopia ed a secco, la qualità della risoluzione non è certamente eccelsa, ma ci restituisce una immagine ancora abbastanza dettagliata ed intatta nei suoi colori naturali.

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
40,75 KB

Ma vediamo ora gli strumenti che ci sono necessari per questa tecnica: abbiamo già visto che lo stereo microscopio può fare ben poco, il suo limite di ingrandimento si ferma sui 40/50x complessivi, andare oltre è un suicidio fotografico.

Lo strumento giusto, c’è poco da fare, è il solito microscopio, magari con qualche avvertenza e qualche semplice accessorio.

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
92,66 KB

Come al solito utilizzo il mio “muletto”, lo Zeiss Standard WL, al quale ho aggiunto una basetta con un paio di led per illuminare in episcopia.
Potete notare come i led sono polarizzabili (lo uso anche per altre ricerche) e l’intera basetta è fissata al microscopio mediante alcuni magnetini al neodimio, in modo da essere facilmente smontabile.

A completare l’attrezzatura, una serie di obiettivi LWD (Long Working Distance), cioè di obiettivi che hanno una distanza maggiorata fra il soggetto e la loro prima lente. Questa caratteristica è indispensabile perché permette alla luce di illuminare l’oggetto, senza che il corpo dell’obiettivo faccia ombra, disturbando l’illuminazione.

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
50,93 KB

Questi obiettivi si trovano abbastanza facilmente sul mercato dell’usato ed, essendo poco conosciuti dalla maggior parte dei microscopisti, hanno un prezzo piuttosto basso. Nella foto, da sinistra, vedete un Nikon 1,2x, un Vickers 4x, un Leitz 10x ed un altro Leitz 32x, ma ve ne sono tanti altri, anche ad alto ingrandimento ed anche di adatti a lavorare in immersione oleosa.


(continua)



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enotria
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Inserito il - 06 febbraio 2015 : 19:17:25 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
.

Ma veniamo ora alla parte difficile, il Problema dei problemi nella episcopia: la scarsa profondità di fuoco.
Con più noi aumentiamo l’ingrandimento dell’immagine del nostro campione, con meno è ampia la zona che noi vediamo a fuoco.

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
32,42 KB

Ad esempio, in questo caso sto guardando dei licheni ma, a questo ingrandimento, risulta a fuoco solo il piccolo apotecio e neppure tutto.

L’unico modo che abbiamo per riprendere tutto a fuoco è quello di operare uno stack (catasta), quindi fare diverse foto, ciascuna mettendo a fuoco piani diversi ad altezze diverse. Inizieremo fotografando le parti più alte del soggetto, poi diminuiremo il piano a fuoco di pochi micron per fare la successiva foto e così via fino ad arrivare sotto alla zona che vogliamo rappresentare.
Alla fine, un particolare software di focus stacking elaborerà tutte le immagini della catasta, prendendo da ciascuna solo la parte nitida e unendole in una unica immagine, in cui tutti i punti saranno perfettamente a fuoco. O quasi !

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
112,6 KB

Per ottenere buoni risultati occorre che il dislivello fra un piano e l’altro sia sempre regolare e che il numero delle sezioni sia sufficiente per avere una buona omogeneità, senza zone ancora sfuocate.
Nella foto appena mostrata sopra, vedete che non sono stato per niente bravo, infatti la parte più bassa del soggetto è stata dimenticata, di conseguenza gli apoteci in alto a sinistra, sono in parte sfuocati.

Riproviamo con un’altra immagine e cercando di fare qualche foto in più:

Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
78,45 KB

Questo stack è venuto molto meglio, gli organi fruttiferi sono ben focalizzati e la leggera sfocatura del più alto, a sinistra e del più basso, al centro, conferisce un certo senso di profondità alla immagine, rendendola così più naturale, meno artificiosa.

Una volta che siamo riusciti ad avere delle buone immagini in episcopia, con tutto il soggetto a fuoco, possiamo continuare con una tecnica che, se ben applicata, è molto spettacolare. Stiamo parlando della elaborazione tridimensionale (3D) delle nostre fotografie.
Durante l’operazione di focus stacking il computer memorizza ogni punto con tre coordinate X,Y e Z, l’altezza di fuoco. Questo ultimo dato viene memorizzato in attesa di procedere ad ulteriori elaborazioni di tipo tridimensionale, in cui si suppone che l’oggetto ruoti ogni volta di un certo angolo e il software ricostruisce le diverse posizioni dei vari punti a fuoco rilevati.
Il risultato di tutto questo è un breve filmato in cui si vede la nostra immagine che lentamente si muove, ruotando su se stessa e mettendo così in mostra il dislivello dei vari punti fra loro. L’effetto è molto suggestivo e, realmente, permette di capire la posizione che i vari oggetti hanno nello spazio:
















(Fine)


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Aphyllo
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Città: firenze
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Micologia

Inserito il - 07 febbraio 2015 : 18:17:40 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Molto interessante quello che scrivi Andrea! Il mio microscopio, un vecchio Orthoplan della Leitz, ha già la possibilità di illuminare dall'alto, o meglio con illuminazione obliqua, ma questa illuminazione è sufficiente solo per ingrandimenti fino a 200, max 250 complessivi, poi diventa inadeguata.

Nel tuo sistema episcopico è possibile regolare l'intensità luminosa?
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enotria
Utente Senior


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Inserito il - 08 febbraio 2015 : 00:22:04 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Nel mio caso regolo l'intensità luminosa variando la corrente assorbita dai led.
Il massimo ingrandimento che puoi ottenere dipende dagli obiettivi che trovi a lunga distanza di lavoro: nel mio caso ho un 50x ed un 100x Leitz ad immersione, per cui riesco ad arrivare abbastanza bene fino ai classici 1000x complessivi.

Solo come esempio, nella foto vedi un cristallo di corindone che si è formato sopra ad un ramo di epidoto che, a sua volta, è dentro ad un quarzo trasparente.
Le dimensioni le vedi nella prima foto, a confronto con i quadratini dello sfondo, ciascuno di 1 millimetro. Nella seconda foto l'ingrandimento complessivo è di 500x con immersione in olio.

Immagine: Inclusione di corindone su epidoto ed entro quarzo.
Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
78,41 KB

Come vedi, a questo livello di ingrandimento, è ben visibile la nuvola di gas che si è formata durante la cristallizzazione. La dimensione del cristallo rosso è di alcuni micron.


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giancarlo
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Micologia

Inserito il - 08 febbraio 2015 : 17:43:03 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Belle le immagini e complimenti per l'ingegno.
Sarebbe interessantissimo provare questa tecnica negli ascomiceti.
In pratica è necessario costruirsi un illuminatore anulare per gli obiettivi che hanno la possibilità di lavorare a distanza maggiorata seguendo le tue istruzioni sembra tutto semplice ma per le mie capacità ho dei grossi dubbi eh!eh!

un saluto

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enotria
Utente Senior


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Inserito il - 08 febbraio 2015 : 23:05:07 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Per la verità non c'è nulla di manuale da fare, anche il sistema illuminante può essere sostituito da due spot a led mod. Jansjo presi alla IKEA, sono perfetti.
Poi il problema vero è cercare su eBay qualche obiettivo a lunga distanza di lavoro, i più comuni e meno costosi sono quelli inglesi, cortissimi e dal costo di 10/20 Euro.

Quindi a questo punto puoi anche provare: ti prendi un paio di tartufi di Alba e . . . . . ti fai un magnifico piatto di tagliatelle al burro e tartufo e mandi a quel paese Enotria e le sue idee strampalate !


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giancarlo
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Micologia

Inserito il - 09 febbraio 2015 : 18:41:50 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
eh! no caro Andrea io coltivo le tue stesse passioni ho molto meno inventiva di te per quanto riguarda le ottiche ma quando hai scritto questo ultimo post ho sorriso Guarda la fot che ti mando e capisci il perchè


Immagine:
Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
85,96 KB

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giancarlo
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Micologia

Inserito il - 09 febbraio 2015 : 18:44:35 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
mi mancano gli obiettivi LWD che cercherò perchè i risultati con gli obbiettivi normali sono ancora deludenti

Immagine:
Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
177,18 KB

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giancarlo
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Micologia

Inserito il - 09 febbraio 2015 : 18:50:40 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
quelli del post sono peli marginali di un Ascomicete appartenente al Genere Scutellinia 400 ingrandimenti però come vedi ne devo fare di strada per ottenere un buon risultato eh!eh!

un saluto

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enotria
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Inserito il - 10 febbraio 2015 : 00:48:44 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Al contrario, di strada ne hai già fatta parecchia.

Il guaio è che con l'episcopia sei contro un muro: non puoi andare avanti perché stai usando degli obiettivi normali, che lasciano passare solo una sottilissima lama di luce, con il risultato di contrasti troppo alti, zone bruciate per troppa luce, zone buie perché non riesci ad illuminarle.

Consiglio:
fai le tue prove usando solo l'obiettivo 4x che è quello che ti lascia più spazio per illuminare, controlla le vendite su eBay e cerca di trovare qualcuno dei tre obiettivi di destra che sono nella mia foto.
Vedrai che dopo puoi riprendere a migliorare.


Immagine: Lepiota, episcopia fluorescenza 465 nm
Episcopia, obiettivi LWD, stack, elaborazioni 3D
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giancarlo
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Micologia

Inserito il - 10 febbraio 2015 : 16:43:06 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
grazie

un saluto a presto

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sapiens
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Inserito il - 18 febbraio 2015 : 18:59:42 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Domanda.....

Come si fa a sapere se quegli obiettivi sono lwd?

Ciao

La vita non è un gran che ma è sempre meglio di quella dei protozoi (e delle api)
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enotria
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Inserito il - 19 febbraio 2015 : 00:07:29 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Non sempre è scritto sul barilotto e non vi è una regola unica.
Alcune case mettono la sigla LWD o WD ed i millimetri disponibili, altre mettono altre sigle, es. L nei Leitz, in altri casi si nota un rapporto anomalo fra l'ingrandimento nominale e l'apertura numerica più bassa del solito, ecc.

A titolo di esempio vi metto una mia tabella di obiettivi che ho utilizzato per episcopia (le spaziature si saranno spostate)

Obiettivo Ingr Apertura Dist.mm. Note
--------------------------------------------------------------------------
Nikon PL 1,2 0,03 30 Con o senza diaframma
Watson 2,75 == 42
Inglese 3,5 == 35 Piatto, senza scritte
Leitz 10 0,18 18
Zeiss UD 16 0.17 16 Corto
Leitz L 20 == 15 Diaframma
Leitz L 32 0,40 7 Diaframma
Leitz UMK 50 0,60 5 Diaframma, Corto

Leitz Fl Ks 53 0,95 1 Immersione
Leitz Fl Ks 100 1,32 0.6 Immersione

Zeiss Luminar 40mm 4 45 Diaframma, RMS
Zeiss Luminar 25mm 6,4 20 Diaframma, RMS
Zeiss Luminar 16mm 10 14 Diaframma, RMS

La cosa migliore è darsi la voce: qui vedete gli obiettivi che ho testato, se voi ne trovate altri di interessanti, allungate la lista !




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Modificato da - enotria in data 19 febbraio 2015 00:11:12
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giancarlo
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Micologia

Inserito il - 19 febbraio 2015 : 11:56:26 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Ciao Andrea dopo il nostro colloquio ho affinato la tecnica e questi sono i risultati prima con obbiettico da 4x e poi con il 10x il fungo fotografato con telecamera Optika 5mp è Dasyscyphella nivea
Immagine:
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giancarlo
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Micologia

Inserito il - 19 febbraio 2015 : 11:57:09 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
un saluto
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enotria
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Inserito il - 19 febbraio 2015 : 22:48:08 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Bravo Giancarlo, vedi che eri già a buon punto !

Oltre tutto, il fungo che hai ripreso non credo sia facile da fotografare ad alto ingrandimento e, per di più, mi sembra molto adatto alla ripresa per episcopia: quelle coppette, penso siano apoteci, sono bellissime, specie se riprese di profilo.

Ora, i tuoi passi successivi dovranno essere l'applicazione dei programmi di stacking per ottenere la profondità di fuoco che ora manca.

Forza, ancora qualche tentativo e farai foto da invidia !


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giancarlo
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Micologia

Inserito il - 23 febbraio 2015 : 18:32:16 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Ti ringrazio per i consigli posterò i risultati un saluto a presto

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