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 sulla tassonomia molecolare
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ang
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Città: roma

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Inserito il - 04 ottobre 2014 : 00:16:11 Mostra Profilo  Apri la Finestra di Tassonomia

vi segnalo un lavoro molto interessante di jörger & schrödl uscito lo scorso anno e liberamente scaricabile (v. qui)
questo lavoro è una revisione del genere Pontohedyla, un genere di piccoli eterobranchi marini privi di conchiglia, che presenta una dettagliata discussione sulla tassonomia molecolare che vale la pena di leggere e di cui riassumo, da profano, alcuni punti che ho trovato particolarmente interessanti
questo è, per quanto ne sappia, il primo lavoro in cui nuove specie vengono descritte esclusivamente tramite sequenze molecolari. infatti secondo gli autori, mentre l'esame morfologico non mostra apprezzabili differenze tra popolazioni distanti anche molte migliaia di chilometri (il genere ha una diffusione globale nei mari temperati e tropicali), l'esame genetico mostra una chiara suddivisione in almeno 12 specie. sono molti i casi in cui si è osservato questo, in cui cioè l'esame genetico ha mostrato l'esistenza di specie criptiche cui però non è mai seguita una formale descrizione (ad es. il caso delle Ocinebrine e dei Dendropoma mediterranei o degli Ancylus circummediterranei). gli autori sostengono che non ha senso che queste specie rimangano senza nome una volta che si sia accertata la loro esistenza. tornando alle Pontohedyle, vengono quindi descritte 9 specie nuove sulla base di queste differenze genetiche. gli autori sostengono che questa modalità non è in contrasto con il codice di nomenclatura zoologica e le specie sono attualmente accettate dal worms (world register of marine species, v. qui)
nel fare questo, gli autori contestano la pratica comune che relega l'informazione proveniente dal DNA come accessoria alla descrizione di specie nuove e limitata alla conferma della bontà di specie già caratterizzate morfologicamente e al loro rapporto filogenetico. al contrario, qui il carattere che permette l'individuazione di una specie è una sequenza molecolare. questo ha una serie di implicazioni interessanti e in parte paradossali
negli ultimi anni viene fortemente raccomandato agli autori che pubblicano sequenze molecolari di depositare presso istituzioni pubbliche gli esemplari analizzati (normalmente viene utilizzata una piccola parte di tessuto non utile per la caratterizzazione morfologica, quale ad es. il piede), in modo tale da poter verificare nel caso di dubbi la reale appartenenza dell'esemplare esaminato a quella specie, cosicché altri autori possano correttamente usare quella sequenza come confronto. infatti si è spesso verificato che sequenze pubblicate erano state erroneamente attribuite ad una specie (ovvero l'esemplare era stato classificato in mariera errata) e senza la possibilità di verificarne l'appartenenza la sequenza diventa priva di valore (ne aveva parlato anche marco oliverio durante lo scorso convegno malacologico pontino).
nel caso delle Pontohedyle c'è però il paradosso che, date le ridotte dimensioni delle specie (al di sotto dei 6 mm), non è possibile utilizzare solo una parte di tessuto ma è necessario utilizzare tutto l'esemplare per ottenere una sequenza. questo implica che non è possibile depositare l'esemplare di riferimento. inoltre, dato che le nuove specie di Pontohedyle sono state descritte utilizzando solo l'informazione genetica, il risultato è che non esiste alcun olotipo depositato presso un museo, rimane solo una sequenza. di conseguenza, anche l'identità dei paratipi eventualmente depositati è solo ipotetica, tanto più che nel caso in esame è stata accertata la presenza di più specie in simpatria. altra conseguenza è che l'identificazione di nuovi esemplari sarà sempre vincolata alla possibilità di effettuare un esame genetico, ovvero ci si troverebbe nella situazione in cui bisogna decidere se preservare l'esemplare senza poterne conoscere l'identità oppure scoprirla accettando di perderlo. e cosa accadrebbe se una specie venisse istituita sulla base di un singolo esemplare? in questo caso, a parte la radula (peraltro non sempre preservata nel caso in esame), non rimarrebbe altro che una sequenza, ovvero un "DNA tipo". questo è il caso di ben 5 specie di Pontohedyle. un altro rischio nell'uso di questa metodologia è quello di creare due tassonomie parallele, una basata sulla morfologia e l'altra sul DNA, evitabile solo andando a sequenziare tutte le specie di un gruppo già descritte prima di istituirne una nuova basandosi sul DNA. questo però non sempre è possibile; infatti per specie già descritte bisogna lavorare su materiale topotipico, ma non sempre è disponibile sia perché può capitare di non trovarlo (vedi il caso di P. brasilensis), sia perché il locus typicus potrebbe essere molto generico o non esistere più a causa dei mutamenti ambientali (vedi ad es. il caso delle Radix, qui)
insomma, si tratta di una rivoluzione epocale? o è ancora presto per questo tipo di approccio? che ne pensate?

ciao

ang



Anche se nessuno di noi sa esattamente dove sta andando o dove andrà a finire.....comunque lascerà la sua indelebile striscia di bava (Beppe/papuina)

iperione
Utente Senior

Città: Cremona


2215 Messaggi
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Inserito il - 04 ottobre 2014 : 10:59:08 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Mah, leggerò con calma l'articolo, quindi per ora ti rispondo sulla base del tuo interessante riassunto. Personalmente penso che disporre di un "catalogo" di sequenze senza poter associare a queste identità genetiche le informazioni biologiche ed ecologiche corrispondenti sia poco interessante e poco utile (mi è sembrato di capire che nel caso delle Pontohedyla siamo in queste condizioni), anche se può fruttare in termini di pubblicazioni e per questo può essere piuttosto seducente in certi ambienti .
E' chiaro che le specie criptiche sono un bel rompicapo, però liquidarle con una sequenza molecolare mi sembra indice di un atteggiamento piuttosto frettoloso e superficiale nei confronti della natura.
Mi fa sentire molto vecchio dirlo, però, stanti i problemi irrisolti che hai evidenziato, a mio parere è un po' prestino per poter considerare "rivoluzione epocale" l'approccio genetico.

ciao

Iperione
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fern
Utente Senior

Città: Vicenza


2101 Messaggi
Flora e Fauna

Inserito il - 04 ottobre 2014 : 14:51:22 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Grazie Ang per aver segnalato un articolo importante che io non avrei mai notato. Rispondo anch'io di getto, basandomi solo sul tuo riassunto.

l'esame genetico mostra una chiara suddivisione in almeno 12 specie
Chissà qual è la distanza genetica. Di per sè l'esame genetico mostra l'esistenza di cladi, che alcuni autori chiamano "OTU" (Operative Taxonomic Unit) per sottolineare la differenza. Potrebbero essere specie distinte, ma la genetica da sola è generalmente ambigua in tal senso.

gli autori sostengono che non ha senso che queste specie rimangano senza nome
Molte specie sono senza nome anche se identificate nei modi tradizionali perché ciò richiede una lunga ricerca d'archivio, nei musei ecc. per capire se non ci siano già nomi validi.

nel caso delle Pontohedyle ...è necessario utilizzare tutto l'esemplare
Questo vale per tutte le specie piccole, inclusi i Cochlostoma di Enrico, per fare un esempio. In tal caso ci sono solo i paratipi ("pseudo-voucher" sensu Groenenberg).

l'identità dei paratipi eventualmente depositati è solo ipotetica, tanto più che nel caso in esame è stata accertata la presenza di più specie in simpatria
Aaaaargh!

contestano la pratica comune che relega l'informazione proveniente dal DNA come accessoria alla descrizione di specie nuove e limitata alla conferma della bontà di specie già caratterizzate morfologicamente e al loro rapporto filogenetico
Resto dell'idea che una sequenza non abbia senso da un punto di vista nomenclaturale, se non in un contesto filogenetico e all'interno di un campionamento, completo per quanto possibile. Insomma, i nuovi "Bourguignat molecolari" pretendono mano libera.

questa modalità non è in contrasto con il codice di nomenclatura zoologica
Un chiaro esempio di vuoto legislativo!

si tratta di una rivoluzione epocale?
Speriamo resti un caso isolato! Ciao,

fern
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Cmb
Moderatore


Città: Buers
Prov.: Estero

Regione: Austria


12844 Messaggi
Flora e Fauna

Inserito il - 04 ottobre 2014 : 16:33:33 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Messaggio originario di fern:

Grazie Ang per aver segnalato un articolo importante che io non avrei mai notato. Rispondo anch'io di getto, basandomi solo sul tuo riassunto.

l'esame genetico mostra una chiara suddivisione in almeno 12 specie
Chissà qual è la distanza genetica. Di per sè l'esame genetico mostra l'esistenza di cladi, che alcuni autori chiamano "OTU" (Operative Taxonomic Unit) per sottolineare la differenza. Potrebbero essere specie distinte, ma la genetica da sola è generalmente ambigua in tal senso.

gli autori sostengono che non ha senso che queste specie rimangano senza nome
Molte specie sono senza nome anche se identificate nei modi tradizionali perché ciò richiede una lunga ricerca d'archivio, nei musei ecc. per capire se non ci siano già nomi validi.

nel caso delle Pontohedyle ...è necessario utilizzare tutto l'esemplare
Questo vale per tutte le specie piccole, inclusi i Cochlostoma di Enrico, per fare un esempio. In tal caso ci sono solo i paratipi ("pseudo-voucher" sensu Groenenberg).

l'identità dei paratipi eventualmente depositati è solo ipotetica, tanto più che nel caso in esame è stata accertata la presenza di più specie in simpatria
Aaaaargh!

contestano la pratica comune che relega l'informazione proveniente dal DNA come accessoria alla descrizione di specie nuove e limitata alla conferma della bontà di specie già caratterizzate morfologicamente e al loro rapporto filogenetico
Resto dell'idea che una sequenza non abbia senso da un punto di vista nomenclaturale, se non in un contesto filogenetico e all'interno di un campionamento, completo per quanto possibile. Insomma, i nuovi "Bourguignat molecolari" pretendono mano libera.

questa modalità non è in contrasto con il codice di nomenclatura zoologica
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si tratta di una rivoluzione epocale?
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fern


1 morfologia, 2 anatomia, 3 accoppiamento e 4 come un controllo la DNA - non si deve spagliare verso 4, 1, 2, 3 !!!



"Good people don't go into government" (D. Trump)

sulla tassonomia molecolare
Link - nothing is more dangerous than the truth - solo chi conosce il passato, può capire il presente!
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PaoloMarenzi
Utente Senior


Città: Cremona
Prov.: Cremona

Regione: Lombardia


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Flora e Fauna

Inserito il - 04 ottobre 2014 : 22:06:51 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
scusate la domanda da perfetto ignorante in materie scientifiche.Ma mai nessuno ha fatto una prova inversa su ciò che riteniamo già( forse solo per convenzione?) essere specie unica seppur con infinite varietà come il cane o...l'uomo???
Cosa salterebbe fuori in questi casi??

amatoeridano.blogspot.it

Modificato da - PaoloMarenzi in data 04 ottobre 2014 22:08:43
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garagolo
Moderatore


Città: Cerretti di Santa Maria A Monte
Prov.: Pisa

Regione: Toscana


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Flora e Fauna

Inserito il - 05 ottobre 2014 : 08:30:47 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Mi aggrego al gruppo di Paolo e mi pongo anch'io tale dubbio

Ale


"Tempo fa ero indeciso, ma ora non ne sono più sicuro" (Umberto Eco)
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fern
Utente Senior

Città: Vicenza


2101 Messaggi
Flora e Fauna

Inserito il - 05 ottobre 2014 : 21:52:22 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
L'articolo è lungo (27 p.) e mi rendo conto che per capirlo devo leggere l'articolo precedente del 2012, di 18 p. (qui). La cosa che più mi ha colpito per il momento è che gli autori sembrano perfettamente consapevoli dei limiti e delle critiche all'identificazione di specie con metodi molecolari. Bisognerà leggerli con calma.

Per Paolo e Alessandro: posso garantire che Homo sapiens è studiatissimo: ad oggi sono disponibili probabilmente migliaia di genomi completi (non 3 geni come nel caso che stiamo discutendo), numero in continua crescita per molti motivi. Su Le Scienze di settembre c'è un articolo sulla diversità genetica degli Italiani, per il cui studio si sono usate sequenze di 2875 individui (però si parla solo del cromosoma Y e di "DNA mitocondriale" senza dettagli).
Non credo che qualcuno abbia applicato a questo materiale metodi di ricerca automatica delle specie: chissà, forse ci sarebbero delle sorprese. Ciao,

fern
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Cmb
Moderatore


Città: Buers
Prov.: Estero

Regione: Austria


12844 Messaggi
Flora e Fauna

Inserito il - 06 ottobre 2014 : 08:49:47 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
La critica va in questo direzione: Si ha fatto solo la COI - oggi si fa un secondo gene -per essere più sicuro; prima si ha preso un esemplare - oggi si prende di più! E dopo si deve calibrare lo "tree" e si arriva a la vecchia discussione: quale distanza (morfologica, anatomica, nel accoppiamento, genetica) è necessario di parlare di una specie (sottospecie) differente!
La calibratura fina produce più "specie".
Per me è più importante da controllare il corse della epoca glaciale, i grande fiumi come una frontiera. La documentazione dell'modo dell'accoppiamento e più facile da documentare con i Limacidae che con le specie piccole, lo so. Ma usare solo orgomenti genetici è un senso unico (noi diciamo cosi nel tedesco ("Einbahnstrasse")...

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ang
Moderatore


Città: roma

Regione: Lazio


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Inserito il - 06 ottobre 2014 : 16:07:29 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
attenzione, la mia non vuole essere una critica all'uso dell'esame genetico per l'individuazione e la separazione delle specie: due specie diverse devono essere geneticamente incompatibili (anche se non so se attualmente ci sono gli strumenti per poter decidere senza ambiguità), quindi non ho particolari dubbi che le specie istituite in questo lavoro siano valide
la mia era più una perplessità sulla metodologia utilizzata: se passa il principio per cui la descrizione morfologica è inutile e che è sufficiente depositare il DNA tipo anziché un olotipo, non c'è il pericolo che la descrizione morfologica perda progressivamente importanza? può esserci il rischio che specie correttamente descritte ma non sequenziate vengano dimenticate e ridescritte? che valore hanno i paratipi non sequenziati di specie di cui non si ha una buona descrizione morfologica ma solo il DNA tipo?

ciao

ang



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papuina
Utente Senior


Città: SAN PIETRO IN CASALE
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Regione: Emilia Romagna


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Inserito il - 06 ottobre 2014 : 18:10:27 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Perché leggete certe cose ? 27 pagine ?
Soffrite di insonnia
Beppe

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garagolo
Moderatore


Città: Cerretti di Santa Maria A Monte
Prov.: Pisa

Regione: Toscana


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Flora e Fauna

Inserito il - 06 ottobre 2014 : 18:45:57 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Messaggio originario di ang:

può esserci il rischio che specie correttamente descritte ma non sequenziate vengano dimenticate e ridescritte? che valore hanno i paratipi non sequenziati di specie di cui non si ha una buona descrizione morfologica ma solo il DNA tipo?


Rischio potenziale quanto mai inquietante e domanda altrettanto !!!

In pratica ci troveremmo ad avere l'impossibilità di avere una raccolta con esemplari fisici in quanto nessuno di essi potrebbe essere considerato sicuramente determinato se non sequenziato e, se sequenziato, distrutto per poterlo fare !!!!! Almeno per specie di dimensioni piccole !!!!

Mi sembra una prospettiva davvero non auspicabile !

Ale


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Subpoto
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Città: Roma
Prov.: Roma

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Inserito il - 07 ottobre 2014 : 13:47:44 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia

I problemi che pone la sistematica attuale sono veramente insormontabili, nessuno dei metodi utilizzabili ci da la certezza di una corretta determinazione.
I genetisti considerano che oltre una certa distanza genetica non vi sia più ricombinamento del DNA per cui vi è la certezza che due popolazioni appartengano a specie diverse e questo può essere accettabile.
I problemi sorgono su quello che accade con distanze genetiche minori,in questi casi la genetica aiuta poco, ci dice solo che due popolazioni sono leggermente diverse, anche l'anatomia ci mostra delle variazioni da interpretare e non sempre è facile capirne il significato.
Solo lo studio dei comportamenti delle specie in natura, della distribuzione, dei rituali di accoppiamento supportato dai dati delle metodiche di cui sopra può dare una relativa certezza di una corretta determinazione.
Purtroppo chi si sta cimentando in questo campo sa quanto sia difficile interpretare questi dati e stiamo parlando di specie grandi e comuni, per le piccole ci accontentiamo di enormi approssimazioni, ad esempio di nessun clausilide sappiamo se si tratti di un'unica specie variabile o di una miriade di specie molto simili di cui ognuna occupa un areale molto piccolo, le osservazioni attuali portano decisamente verso quest'ultima ipotesi.
Avere uno screening quanto più ampio possibile su varie popolazioni sarebbe di notevole aiuto per approfondimenti successivi, descrivere specie solo sul DNA è alquanto azzardato proprio per il fatto che non si sa cosa si è descritto, due specie uguali non possono esistere altrimenti non sarebbero specie il problema sta proprio nell'evidenziare le differenze che le rendano distinguibili l'una dall'altra in modo univoco.
L'ideale sarebbe che questi studi genetici si limitassero ad indicare sp A, sp B ecc. questo sarebbe un utilissimo mezzo per favorire studi più completi.




La natura è un libro aperto, siamo noi che non sappiamo leggerlo

Sandro
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Fabiomax
Moderatore


Città: Cefalù
Prov.: Palermo

Regione: Sicilia


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Flora e Fauna

Inserito il - 07 ottobre 2014 : 23:50:37 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
L'esame di pochi geni, anche se significativi, è comunque un esame parziale.

Indubbiamente il metodo multidisciplinare è il migliore:
morfologia, genetica, modalità di accoppiamento, ma anche l'etologia.
Specie criptiche geneticamente diverse che vivono nello stesso posto in genere occupano nicchie ecologiche diverse; ad esempio una è parassita esclusiva di una spugna e l'altra invece del corallo che si trova a pochi centimetri di distanza oppure di una diversa specie di spugna. Anche le osservazioni sul campo possono quindi dare preziose informazioni.

Il caso in questione è tuttavia un caso limite.
Le tecniche di estrazione del DNA in futuro potrebbero permettere di utilizzare pezzetti microscopici di tessuto. In quest'ottica oggi si potrebbero selezionare un congruo numero di sintipi e in futuro tra essi si potrebbe trovare l'esemplare da selezionare e conservare come olotipo.

Anche le tecniche morfologiche potrebbero evolversi consentendo in maniera facile e veloce di ottenere istologie complete degli organismi, facendo così chiarezza anche su quelle specie che oggi ci appaiono criptiche.

Insomma io ritengo che sia meglio continuare ad avere una base organica di riferimento (anche se con un certo margine d'incertezza) piuttosto che una tassonimia di sole sequenze geniche.


Sicilia: bellissima per natura
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Cmb
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Città: Buers
Prov.: Estero

Regione: Austria


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Flora e Fauna

Inserito il - 12 ottobre 2014 : 13:36:20 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Un esempio come importante è il modo dell'accoppiamento

Link

e non ci serve una grande atrezzatura (quasi niente!!)

cito dal lavoro: "The 38 sequences contained 25 distinct haplotypes.
Out of 656 sites, 206 varied (181 excluding the
outgroup), of which 162 were parsimony informative.
Both the maximum-likelihood and Bayesian COI
trees grouped individuals in agreement with our species
delineations based on mating behaviour and genital
anatomy."


"Good people don't go into government" (D. Trump)

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ang
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Inserito il - 13 ottobre 2014 : 07:50:35 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
sì, ne avevamo parlato a suo tempo qui

ciao

ang



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